Na primeira metade do século XVI, muito antes que as primeiras penetrações no território cearense fossem efetuadas, as terras onde hoje se localiza o Município de São Gonçalo do Amarante já eram habitadas por índios de várias nações, principalmente de Anacés, Guanacés e Jaguaruanas.
Da cultura e civilização indígena nada ficou que possa caracterizar o marco do trabalho dos índios, além do que é contado nas publicações do Instituto Histórico do Ceará, que enfoca com maior destaque a nação dos Anacés, por sua superioridade numérica e valentia.
Realmente, as terras era privilegiadas e, com certeza, bastante disputadas entre as tribos, tendo em vista sua localização em pleno litoral, cortada por Rios e Lagoas férteis e apropriadas para o cultivo, além da abundância da caça e da pesca.
Sabe-se que a penetração do homem branco, com vista ao povoamento da área, foi iniciada a partir de 1682, quando surgiram os primeiros núcleos como Parazinho, Trairi, Siupé e São Gonçalo.
À medida que as penetrações se concretizavam, as nações indígenas buscavam outras terras, fato característico das penetrações. Não se tem, contudo, qualquer informação sobre guerra de índios com brancos.
Os exploradores iniciaram o povoamento construindo casas, instalando fazendas e sítios, especialmente nas localidades de Siupé e Parazinho que, pela Lei nº 1.020 de 14 de novembro de 1862, era transformado em Distrito, condição que se manteve por força do Ato Provincial de 6 de julho de 1863.
